Es la precuela de Assassin's Creed III. Su temática gira en torno a la piratería en el Caribe en el siglo XVIII, en la llamada Edad de oro de la piratería. Está ambientado en 1715, en las islas de las Bahamas, Cuba y el sur de Florida, cuenta con tres ciudades principales: La Habana, Kingston, y Nassáu, que se encuentran bajo la influencia española, británica y pirata, respectivamente. Cuenta con otros 50 lugares "únicos" para explorar, con un balance de 60/40 entre tierra y exploración naval. El nuevo protagonista, Edward Kenway, es el padre de Haytham Kenway y abuelo de Connor Kenway (Ratonhnhaké ton), el protagonista de Assassin's Creed III. Se le describe como el azote de los mares, un hábil pirata y asesino al cual admira hasta el mismísimo Barbanegra.

Assassin's Creed IV: Black Flag ofrece una mayor sensación de "mundo abierto", con misiones similares a las encontradas en los anteriores Assassin’s Creed, pero con un menor número de restricciones para el jugador. El mundo se abre pronto en el juego, a diferencia de Assassin's Creed III, que no daba a los jugadores la libertad para explorar hasta que el juego estaba bien entrado en el primer acto. El jugador se encontrará con selvas, fuertes, ruinas y pequeños pueblos y el mundo está construido para permitir a los jugadores mucha más libertad, tales como permitir a los jugadores a participar, abordar y capturar barcos que pasan y nadar a las playas cercanas de una forma transparente.

El personaje del presente, siempre anónimo, es un empleado contratado por Abstergo Entertainment para revivir los recuerdos de Edward Kenway, un pirata del siglo XVIII y abuelo de Connor, el protagonista de Assassin's Creed III. Supuestamente, su misión es reunir material para realizar un largometraje interactivo, utilizando para ello el "Animus", pero en realidad, Abstergo y los templarios están buscando el "Observatorio", una estructura de los "Precursores" que permite al usuario ver a través de los ojos de cualquier persona, necesitando para ello, obtener un poco de la sangre de dicha persona.

Por su parte, Edward Kenway, debe desentrañar una conspiración entre los templarios de alto rango dentro de los imperios británicos, españoles y franceses que, con el pretexto de la limpieza de la piratería en El Caribe, utilizan sus posiciones para ubicar al "Sabio" (posteriormente identificado como Bartholomew Roberts), quien es el único hombre que les puede llevar al "Observatorio". Los templarios tienen la intención de utilizar el "Observatorio" para espiar y chantajear a los líderes mundiales. Kenway, sin saberlo, se ve involucrado en su complot cuando mata a un Asesino canalla y asume su identidad.

Su imprudencia pone en peligro a toda la orden de los Asesinos, incitándolo a seguir al "Sabio" y los conspiradores de la Península de Yucatán a la ciudad de Príncipe y la costa africana. Mientras tanto, un grupo de piratas notorios, entre los que se encuentran, Edward Thatch (Barbanegra), Benjamin Hornigold y Charles Vane, sueñan con un estado en el que el hombre sea libre de vivir lejos del alcance de los reyes y gobernantes. Kenway, es fundamental para la realización de este sueño y la "República Pirata" se establece en la colonia de Nassau. Sin embargo, el mal gobierno, la falta de una economía y un brote de enfermedades, llevan peligrosamente a la colonia cerca del colapso.